Phiêu Miểu Kiếm Tiên Truyện xoay quanh câu chuyện của Đông Phương Thiếu Hồng, một chàng trai thường bị mọi người giễu cợt. Tuy nhiên, ít ai biết rằng anh ấy đáng thương hơn là đáng cười. Thiếu Hồng mang trong mình hai loại thể chất của đại đạo, nhưng chúng lại bài xích lẫn nhau, khiến anh không thể tu luyện.
Tình cảnh của Thiếu Hồng trở nên tồi tệ hơn khi cha anh bị bọn Tiên Minh bắt đi vì biết bí mật về Thương Ngọc Tiên Phủ. Bọn Tiên Minh và các gia tộc khác cũng tìm cách chèn ép gia tộc của anh đến mức diệt vong. Sự uất hận và tuyệt vọng đã thúc đẩy Thiếu Hồng dùng máu của mình để tạo nên sức mạnh từ Tiên Nguyên Đạo Thạch, đánh lui bọn Tiên Minh và bảo vệ gia tộc tạm thời.
Dù đã bảo vệ được gia tộc, Thiếu Hồng vẫn phải đối mặt với việc cha mình bị bắt. Một vị cố nhân của cha anh, Quý Dận, đã cứu giúp và đưa anh đến một miếu tông để tu luyện và phát triển sức mạnh. Đây là cách duy nhất giúp Thiếu Hồng có thể cứu cha mình. Hành trình của Thiếu Hồng bắt đầu từ đây, với mong muốn tìm cách giải cứu cha và đối mặt với những thử thách phía trước.