Cuộc chiến giữa Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ đã kéo dài hàng trăm năm, với mục tiêu cuối cùng là kiểm soát thế giới. Hội Hiệp sĩ Thánh chiến, một tổ chức bí ẩn và quyền lực, muốn tạo ra một thế giới lý tưởng không còn xung đột, bạo lực bằng mọi giá. Họ tìm kiếm Quả táo Vườn Địa Đàng, một thánh vật huyền thoại, để có thể thao túng và thống trị toàn nhân loại.
Ngược lại, Hội Sát thủ hoạt động để duy trì sự cân bằng của thế giới và bảo vệ tự do ý chí của loài người. Họ chấp nhận ẩn mình trong bóng tối để hành động và phụng sự ánh sáng. Callum Lynch, một tử tù đang chờ bị hành quyết, bất ngờ tỉnh lại tại cơ sở nghiên cứu của Abstergo Industries ở Tây Ban Nha. Abstergo là một tổ chức thuộc Hội Hiệp sĩ Thánh chiến thời hiện đại, có nhiệm vụ truy tìm Quả táo Vườn Địa Đàng.
Callum Lynch là hậu duệ của Aguilar de Nerha, một sát thủ sinh sống và hoạt động tại Tây Ban Nha vào thế kỷ XV. Aguilar là người cuối cùng từng nắm giữ Quả táo và biết được vị trí mà trái cấm được cất giấu. Thông qua cỗ máy đặc biệt có tên Animus, Callum có thể tái hiện ký ức của tổ tiên được lưu trữ trong mã gien di truyền của bản thân, qua đó khám phá bí mật về dòng dõi sát thủ.
Cuộc phiêu lưu của Callum Lynch sẽ đưa anh vào một thế giới đầy rẫy âm mưu và bạo lực, nơi mà ranh giới giữa thiện và ác trở nên mờ nhạt. Liệu anh có thể khám phá được bí mật về Quả táo Vườn Địa Đàng và dòng dõi sát thủ của mình, hay sẽ trở thành nạn nhân của cuộc chiến dai dẳng giữa Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ?